1955—1958年，南京博物院的考古工作者在南京鼓樓崗的北陰陽營(yíng)（今南京市云南路附近）分四次發(fā)掘了一處面積約一萬平方米的新石器時(shí)代遺址，在氏族公共墓地里發(fā)現(xiàn)的隨葬品中有76枚多為玉髓、瑪瑙質(zhì)地的“花石子”，即雨花石。2004年在距今6000年前的溧水陽神墩遺址又發(fā)掘出5枚花石子。這些都為此推論提供了無可辯駁的證據(jù)。
東吳、東晉以及南朝的宋、齊、梁、陳共六個(gè)王朝相繼在南京建都，歷史上稱為“六朝”（公元229—589年）。
六朝時(shí)期是歷史上佛教興盛的年代，寺院林立，相傳南朝梁武帝時(shí)期，高僧云光法師在南京石子崗講經(jīng)，精誠(chéng)所至，感動(dòng)上蒼，天降雨花，落地化作五彩石子，雨花石因此得名。
